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Zu den Forschungsgebieten gehört die funktionelle Bildgebung von kognitiven Funktionen im Bereich der visuellen Aufmerksamkeit, der Belohnungsverarbeitung, der Verhaltensneurologie sowie Gedächtnis und Bewusstsein. Er arbeitet überdies an der Integration der neu entwickelten Imaging-Verfahren in der Neurologie.Hans-Jochen Heinze hat seine Arbeiten in führenden internationalen Wissenschaftsjournalen darunter Nature, Nature Neuroscience, PNAS, Neuron und Journal of Neuroscience, publiziert.Prof.Heinze war von 2009 bis 2011 Standortsprecher (aktuell Vize) des neu gegründeten DZNE Standort Magdeburg, das mit den weiteren 8 Standorten in Bonn, Berlin, Dresden, Göttingen, München, Tübingen, Rostock/Greifswald und Witten zusammenarbeitet.Von 2005 bis 2011 war Hans-Jochen Heinze Mitglied des Senats und des Hauptausschusses der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG).Zum 1. Februar 2009 ist Hans-Jochen Heinze in den Wissenschaftsrat berufen worden.

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